SMK Negeri 3 Merauke memiliki 4 bidang keahlian yang mana setiap bidang keahlian dibagi lagi menjadi beberapa program keahlian. Setiap program keahlian memiliki tenaga pengajar yang berkualitas. Sehingga diharapkan akan mengahasilkan lulusan yang berkualitas dan siap pakai.