Dalam rangka persiapan akreditasi dan sertifikasi ISO 9001:2008, SMK negeri 3 Merauke mengadakan kegiatan workshop "PELATIHAN MANAJEMEN ISO 9001:2008" yang diadakan di lingkungan SMK negeri 3 Merauke oleh PT. SAI GLOBAL INDONESIA pada tanggal 25 Januari 2010.